En función de la localización en el huésped, se clasifican en:
Intestinales: El representante de este grupo es la Giardia intestinalis. Se transmite por vía fecal - oral por ingestión de aguas contaminadas.
Urogenitales: El representante de este grupo es Tricomonas vaginalis que produce una enfermedad de transmisión sexual. Tiene su hábitat en la vagina y uretra.
Hemoflagelados: Los parásitos más representativos de este grupo son Tripanosomas (brucei y cruzi) y las Leishmanias.
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